Sonderborg est desservi par l’aéroport de Sonderberg, situé à 6 km du centre-ville. L’aéroport offre des vols intérieurs vers Copenhague seulement, avec des vols saisonniers vers l’île de Bornholm. Enterprise Rent-A-Car est disponible à Sonderborg, sur Ringgade, un belvédère qui entoure la ville. Il y a des connexions d’autobus régulières entre l’aéroport et le centre-ville.